Der Junge Renton Thurston ist der Sohn von Adrock Thurston, der die Menschheit vor einer Katastrophe bewahrte und als Held gefeiert wird. Rentons Vater ist dabei jedoch ums Leben gekommen, was für ihn eine ziemliche Last ist, die er gar nicht tragen will. Er lebt bei seinem Großvater Axel Thurston, der Mechaniker ist und eine Werkstatt hat. Sein Großvater erwartet von ihm, dass er auch Mechaniker wird, um später einmal die Werkstatt zu übernehmen. Renton hat aber andere Pläne. Er möchte mit seinem Board, auf den sogenannten Trapar-Wellen, durch die Luft reiten, wie sein großes VorbildHolland. Dieser ist der Anführer einer Rebellengruppe namens Gekkostate, die mit ihrem Flugschiff Gekko-Go, die Lüfte unsicher machen. Eines Tages stürzt ein durch die Luft surfender Mech in die Werkstatt, der von einem Mädchen mit dem Namen Eurekagesteuert wird...

Die Ouran-Akademie ist eine angesehene Privatschule in Japan, deren Schüler daher fast ausschließlich aus Familien der Oberschicht kommen. Von dieser Regel wird nur einmal pro Jahr eine Ausnahme gemacht: Die besten Teilnehmer einer ungemein schweren Aufnahmeprüfung erhalten ein Stipendium, allerdings unter der Voraussetzung, fortwährend der Beste der jeweiligen Klasse zu sein. Unter diesen Stipendiaten befindet sich die 15 Jahre alte Haruhi Fujioka. Haruhi stammt aus der Mittelschicht und interessiert sich, im Gegensatz zu ihrer Mittelschulzeit, viel mehr für Bildung und gute Noten als für irgendwelche Äußerlichkeiten; dank ihrer kurzen Haare, der schlabbrigen Kleidung und einer Brille, die einst ihrem Großvater gehörte, wird sie von den meisten sogar als Junge wahrgenommen. So ergeht es auch fast allen Mitgliedern des sogenannten Ouran-Host-Clubs, als sich Haruhi in deren Clubraum verirrt.

Nun befinden sich Ryoma und seine Teamkammeraden, sowie seine Rivalen aus der Hyotei und der Shitenhoji, in einem Trainingslager. Neue Gegner bedeuten gleichzeitig neue Herausforderungen. Denn in diesem Camp haben es nur die 50 Schüler der Mittelstufe geschafft und ihre Gegner sind Oberstufenschüler auf dem höchsten Niveau.