In dieser Fortsetzung des ersten Spielfilms bekommen es die Elric-Brüder mit ihrem gefährlichsten Gegner überhaupt zu tun: einem einsamen Serienkiller mit vernarbter Stirn.

Ed Elric (Ryôsuke Yamada) wurde ein staatlicher Alchimist und begab sich zusammen mit seinem Bruder (Atom Mizuishi) auf die Suche nach dem Stein der Weisen, der es ihm theoretisch ermöglichen würde, seine Mutter wiederzubeleben und seinen Körper zurückzuholen. Die Brüder Elric stellen jedoch bald fest, dass sie nicht die einzigen sind, die den Stein in die Finger bekommen wollen.

In der Mittelschule hatte Futaba nicht viel für Jungs übrig – bis auf Kou, der ihr Herz zum Höherschlagen brachte. Doch durch ein dummes Missverständnis verlaufen sich Futabas Chancen, seine Liebe zu gewinnen, im Sand, und Kou zieht fort. Erst drei Jahre später treffen sich die beiden auf der Oberstufe wieder. Wird Futaba dieses Wiedersehen für einen zweiten Versuch nutzen können?

Die Brüder Edward und Alphonse Elric führen nach dem Tod ihrer Mutter im Kindesalter ein gefährliches Experiment durch: Sie wollen die Verstorbene mittels Alchemie wieder zum Leben erwecken. Doch der Versuch geht schief und die Brüder bleiben verstümmelt zurück. Edward verliert einige Gliedmaßen, Alphonse sogar seinen ganzen Körper. Ihnen bleibt nur, Alphonses Seele in eine Rüstung zu übertragen, in der er fortan existiert. Jahre später, ist Edward bekannt als Fullmetal Alchemist und wird immer noch von dem Wunsch getrieben, seinen Bruder zu heilen. Nur der sagenumwobene Stein der Weisen könnte ihm jetzt noch helfen – aber die Elrics sind nicht die einzigen, die nach diesem sagenumwobenen Artefakt sucheen.

Der Oberschüler Hodaka ist neu in Tokio, doch das Leben in der Großstadt läuft bislang überhaupt nicht so, wie er sich es vorgestellt hat: Schon nach kurzer Zeit geht ihm das Geld aus und dann regnet es seit seiner Ankunft auch noch ununterbrochen. Seine Geldprobleme bekommt er schließlich dadurch in den Griff, dass er anfängt, als Redakteur für ein ziemlich unseriöses Okkultismus-Magazin zu schreiben. Da lernt Hodaka eines Tages die selbstbewusste Hina kennen, die in Tokio ganz allein mit ihrem kleinen Bruder Nagi zusammenlebt. Und bald erfährt Hodaka, dass Hina über eine ganz besondere Fähigkeit verfügt: Mit einem Gebet kann sie das Wetter beeinflussen und dafür sorgen, dass der Himmel aufklart ...