In der Nähe des verbotenen Planteten Inferno II ging ein Raumschiff verloren. Einige Jahre später erreicht ein weiteres Raumschiff mit neun Mann Besatzung die Gegend und trifft auf ein Monster, welches die Crew schlagartig dezimiert. Der einzige Überlebende Makuro Kitazato muss das Monster vernichten, bevor es ein drittes Raumschiff überfallen kann, das bereits auf dem Weg dorthin ist.

Der letzte Kampf zwischen Amuro Rey und Char Aznable! UC 0093. Dreizehn Jahre sind vergangen seit den Ereignissen in Mobile Suit Gundam und der Krieg zwischen der Erde und den letzten Vertretern der Zabi-Dynastie ist zu Ende. Doch Char Aznable, von dem alle glaubten, er sei tot, kehrt zurück. Er übernimmt die Führung Neo-Zions, einer Gruppierung, deren Ziel es ist, die Bewohner der Erde zu vertreiben. Um die wenigen noch auf der Erde lebenden Menschen in den Weltraum zu verjagen, droht Char damit, einen nuklearen Winter auf der Erde herbeizuführen. Da die Regierung des Staatenbundes Erde nicht auf Char Aznables Forderungen eingehen will, wird die Londo Bell-Einheit unter der Führung von Bright Noah und Amuro Rey damit beauftragt, Chars Pläne zu vereiteln... Vierzehn Jahre sind seit dem Krieg zwischen Zion und den föderierten Truppen der Erde vergangen und für Amuro Rey und Char Aznable nähert sich die Stunde des alles entscheidenden, letzten Kampfes!

Im Jahr 2000 beginnt plötzlich eine Reihe von blutigen Attacken auf Labors – die alle in der Bucht von Tokyo arbeiteten und von ein und derselben Firma hergestellt wurden. Die beiden Polizisten Hata und Kusumi gehen den Vorfällen nach und vermuten zunächst einen Sabotageakt. Dann häufen sich jedoch die Hinweise auf ein mysteriöses Wesen, das nach einem Flugzeugabsturz ins Meer gelangt sein könnte. Hata und Kusumi müssen schon bald darauf feststellen, dass dies keineswegs ein Märchen ist. In einem Logistikzentrum stehen sie der Kreatur Auge in Auge gegenüber und können ihr nur knapp entkommen. Doch woher stammt das gefräßige Monster? Und wie kann man es aufhalten?

Der dritte Captain Tsubasa Film handelt hauptsächlich von einem Trainingsmatch des japanischen Allstarteams. Den Großteil des Spiels sieht man jedoch Rückblicke auf vergangene Duelle, darunter das Finalspiel zwischen den Dauerrivalen Tsubasa Ohzora auf Seiten des FC Nankatsu und Kojirou Hyuuga im Team von Toho Jahre zuvor. Auch andere Charaktere, wie Genzo Wakabayashi, gewähren Einblicke in ihre Vergangenheit und erzählen, welche Erfolge in der Zwischenzeit mit anderen Teams errungen werden konnten.

Der Film berichtet über das erste Aufeinandertreffen von Tsubasa und seinen Freunden und dem Europe-All-Star-Team. Das Spiel findet in Paris statt und ist an Spannung kaum zu überbieten, denn Karl-Heinz Schneider, Pierre, Heffner & Co. liefern sich einen heißen Kampf mit der japanischen Elf. Wer wohl gewinnen wird?

Der zweite Film handelt von einem weiteren Aufeinandertreffen des europäischen Allstarteams und dem japanischen Team mit Tsubasa Ohzora. Anfangs ist Kojiro Hyuga nicht gewillt dem Team beizutreten, da er mit seinem ehemaligen Trainer Kyra seinen Tigerschuss perfektionieren möchte, um nach der dritten Niederlage gegen Nankatsu endlich als Sieger vom Platz zu gehen. Ebenso kann Misaki nicht kommen und Wakabayashi ist es nicht erlaubt zu spielen, da er bereits für ein deutsches Team, dem Hamburger SV, spielt. Mit diesen Rückschlägen und gegen einen sehr starken Gegner mit ihrem Kapitän Schneider, der sich stark verbessert sieht, müssen die Japaner großen Problemen entgegentreten. Wird es dem japanischen Team trotzdem gelingen, einen Sieg zu erkämpfen und schaffen es die wichtigen Spieler Japans doch noch am Spiel teilnehmen zu können?