In der Zeit am Ende des Shogunats wurde er zu einem grausamen Geist ohne Seele. Der verhüllte Körper zeugt davon, wie Makoto Shishio einst in Flammen stand. Nun will er Japan in die Dunkelheit stürzen und eine Welt erschaffen, in der nur die Starken überleben. Um das zu verhindern, macht sich Kenshin Himura auf den Weg nach Kyoto. Unterwegs begegnet ihm die junge Ninja Misao Makimachi, die bereits auf der Suche nach dem legendären Schwertkämpfer war. Gemeinsam reisen sie weiter und finden Shishio, der einen seiner Anhänger vorschickt. Beim Kampf zwischen den beiden zerbricht jedoch Kenshins Schwert. Während er versuchen muss, seine umgekehrte Klinge neu schmieden zu lassen, treibt Shishio seinen finsteren Plan voran, ganz Kyoto im Feuer zu zerstören.