Sadako (Yukie Nakama) ist ein schüchternes Mädchen, das sich gerne hinter ihren langen schwarzen Haaren versteckt. Als sie in einer Theatergruppe auftritt und wegen ihres Talents vom Regisseur besonders gefördert wird, kommt es zu Eifersüchteleien unter den Schauspielern. Ein neugieriger Journalist, der zudem Nachforschungen über Sadakos Familie anstellt, ist schließlich Mitauslöser für eine Reihe unerklärbarer Ereignisse und diverser Todesfälle unter den Schauspielern...

Das gentechnische Meisterstück, pflanzliche Zellen mit jenen des Monsters Godzilla zu kreuzen, ruft ausländische Agenten auf den Plan. Die Tochter des erfolgreichen Wissenschaftlers Shiragami bezahlt deren Überfall mit dem Leben. Der verzweifelte Vater entwickelt aus den Zellen seiner Lieblingsrose und denen des Monsters den Megaklon Biolante. Diese Superpflanze muß auch sogleich gegen Godzilla antreten. Das Monster, geweckt durch Eruptionen im heimischen Vulkankrater und bereits auf dem Weg nach Tokio, muß gestoppt werden. Biolante unterliegt in dem Zweikampf, auch die neue Superwaffe X-2 ist dem Super-Echse nicht gewachsen Erst ein junger Wissenschaftler setzt dem Ungeheuer ein Ende.

Shigematsu Shizuma, der mit seiner Familie in einem Dorf in der Nähe von Fukuyama lebt, war mit seiner Frau und seiner Nichte kurz nach dem verheerenden Atombombenabwurf in Hiroshima, einer Tragödie, die Tausenden von Menschen auf grausame Weise das Leben kostete und das harte Leben der Überlebenden für immer prägte.

Durch einen Meteoriteneinschlag erwacht Godzilla aus seinem Schlaf. Gleichzeitig wird auf einer Insel ein riesiges Ei gefunden, aus dem Mothra schlüpft. Aber auch Mothras böser Zwilling Battra erwacht aus dem ewigen Eis und so liefern sich die drei Monster einen Kampf, der ganze Städte in Trümmerwüsten verwandelt.