Nach einer grausamen Schlacht verspricht ein folgsamer Samurai mit hoher Stellung seinem Meister dafür zu sorgen, dass es in Zukunft nicht mehr zu solch blutigen Auseinandersetzungen kommen wird. Um Kriege im größeren Ausmaß zu verhindern, soll er dafür sorgen, dass kriegstreibende Adelige bereits vor einer Eskalation umgebracht werden. Über Jahre bildet der Mann nun 10 Kinder zu knallharten Kämpfern aus. Als es endlich soweit ist, die Mission anzutreten bittet er jeden seiner Schüler sich einen Partner auszusuchen. Nachdem sich jeder seinen besten Freund zur Seite gestellt hat, lautet der Befehl: Bringt euren Nebenmann um. Eine der Siegerinnen ist Azumi, gleichzeitig die begabteste Schülerin. Mit den anderen vier verbliebenen macht sich der Altmeister nun auf den Weg um die Kriegstreiber Japans zu eliminieren. Was sich anfangs jedoch als einfach entpuppt wird zunehmend zu einer immer schwierigeren Aufgabe.

Nach den Ereignissen in Teil 1 sind Azumi und ihr einziger überlebender Kollege Nagara auf der Suche nach dem nächsten Namen auf der Hit-Liste: Lord Sanada. Der überlebende Samurai Kanbei, dessen Meister von Azumi in Teil 1 getötet wurde, verfolgt die beiden mit unerbittlicher Härte und bedient sich dabei der Hilfe von gefährlichen Ninjas. Auf ihrer Reise treffen die beiden Assassinen Gingaku, der Nichi, Azumis Jugendliebe aus den Tagen der Ausbildung, zum Verwechseln ähnlich sieht. Gingaku will Azumi bekehren und von ihrem mörderischen Weg abbringen. Bald muss sie sich entscheiden: Death or Love?

Der Großkonzern “Deadalus Group” wird von einer kleinen Gruppe von Aktivisten, die als "Ghost of Icarus" bekannt sind, angegriffen. Während er sich um einige der Bombenopfer kümmert, trifft Black Jack auf Dr. Kiriko, auch bekannt als Death Incarnate, der, wie er selbst, von seinen Patienten große Geldsummen verlangt, doch anstatt sie zu retten, ihnen einen schmerzlosen Tod verspricht. Als die Aktivistengruppen die Doktoren auffordert zusammenzuarbeiten, findet sich Black Jack in einer Spirale aus Leben, Tod und Verrat wieder, während er versucht das Leben seiner Patienten zu retten und den Ausbruch eines Krieges mit biologischen Waffen zu verhindern, um die Menschheit vor dem Untergang zu bewahren.

Zwei Ermittler-Teams in einer japanischen Großstadt versuchen, einen Serienmörder zu fassen, der in der Stadt herumgeistert und seine Opfer enthauptet. Auf der Straße geht das Gerücht herum, dass es sich dabei um ein richtiges Monster handeln soll. Das eine Ermittler-Team wird von einem jungen, aufstrebenden Detective geleitet, der einen herkömmlichen und legalen Weg verfolgt, während das andere Team von einem erfahrenen Detective geleitet wird, der seine Mitarbeiter dazu anhält, schon einmal die Gesetze nach Gutdünken zu biegen oder zu brechen, um an die erforderlichen Ergebnisse zu gelangen. Doch die Situation ändert sich grundlegend als sich der junge Detective in eine Verdächtige verliebt.

Drei Jahre nach der ersten "Battle Royale" ist der Überlebende Shuya Nanahara ein international bekannter Terrorist, der mit seiner Terrorgruppe "The Wild Seven" allen Erwachsenen den Krieg erklärt hat. Sein Ziel: Die Abschaffung des BR-Gesetzes, das es der Regierung ermöglicht, Kinder und Jugendliche für perverse Spiele um Leben und Tod mediengerecht zu missbrauchen. Die Regierung reagiert mit einem neuen Programm namens "Battle Royale 2" und schickt 42 Schüler, die Nanahara und seine Schar in ihrer Inselfestung angreifen sollen. Nur wenige von ihnen überleben die ersten Hinterhalte der Terroristen, bevor Nanahara erkennt, dass es sich um Jugendliche handelt, die sein früheres Schicksal teilen. Er befreit sie von den explosiven Halsbändern und überzeugt sie, gemeinsam gegen die Erwachsenen und das BR-Gesetz vorzugehen. Als die Regierung die Insel stürmen lässt, stoßen die Soldaten auf erbitterten Widerstand der Terroristen und einiger Schüler.

Um die Ehre des Shogun zu retten und das Land vor großem Schaden zu bewahren, gehen 13 mutige Samurai auf eine schier unmögliche Mission. Unter Führung des ehrenwerten Shinzaemon wollen sie Lord Naritsugu, den Halbbruder des Shogun, ermorden, bevor er seinen Platz im Rat einnehmen kann. Denn Naritsugu ist ein kranker Sadist, der aus purem Vergnügen foltert, verstümmelt und tötet und davon träumt, die lange Friedenszeit des japanischen Reiches endlich durch einen amüsanten Krieg zu beenden. Aber der brutale Lord umgibt sich stets mit einer zahlreichen Leibgarde. Shinzaemon arbeitet einen raffinierten Hinterhalt aus, um die Überlegenheit des Gegners zumindest zu reduzieren. Trotzdem wissen die 13 Krieger, dass sie die Mission vielleicht erfüllen, aber kaum überleben werden...

Nachdem fast alle Schüler der Kokoyan High School per E-Mail von einem ominösen "D" eine Einladung zu einer Party erhalten haben, trägt einen Tag darauf ein Großteil der Jugendlichen weiße Gesichtsmasken. In dieser Anonymität kommt es zu immer mehr Auseinandersetzungen zwischen den Maskierten, den übrigen Schülern und den Lehrern. Der Maskenkult wird schnell ein gesamtgesellschaftliches Phänomen. Als ein Mitschüler nach dem herunterreißen seiner Maske Selbstmord begeht und bei einer Modenschau ein maskiertes Model tot zusammenbricht verfolgen die Schüler Yuki und Mitsugu die Spur der Masken. Ist der mysteröse "D", der die Massenhysterie und die Todesfälle zu verantworten hat?