Als sich Giorgios Vater bei einem Feuer verletzt und das Geld für den Arzt fehlt, gelangt Giorgio in die Fänge des finsteren Mannes Luini, "Der Mann mit der Narbe", der ihn mit ein paar anderen Jungen nach Mailand verschleppt, um sie dort als Schornsteinfegergehilfen zu verkaufen. Auf der Reise nach Mailand freundet er sich mit Alfredo an, der aus dem Dorf Misox stammt. In Mailand angekommen, beginnt für ihn eine harte Zeit. Er wird dem Schornsteinfeger Rossi unterstellt. Dort leidet Giorgio unter Hunger und wird von Rossis Sohn ständig gedemütigt. Doch bald schließt Giorgio Freundschaft mit anderen Kaminfegerjungen und gründet zusammen mit Alfredo „Die schwarzen Brüder“, die geschworen haben sich in guten und schlechten Zeiten beizustehen, um gemeinsam die Zeit in Mailand zu überstehen. Der Anime basiert auf dem 1941 erschienen weltberühmten Kinderbuch Die Schwarzen Brüder von Lisa Tetzner

Die Geschichte spielt in Kyoto, dem Kapital des alten Japans. Kyoto ist dabei eine verdorbene und heruntergekommene Stadt zu werden, in der es von egoistischen Samurai und Onmyoji, die nur an politische Macht denken, nur so wimmelt. Um die Sache noch schlechter zu machen, leidet die Stadt unter einer Hungersnot und einer weitverbreiteten Krankheit. Unfähig den Zustand der Stadt länger zu ignorieren, entscheidet das kaiserliche Gericht Minamoto no Raiko zu schicken, einen berühmten Samurai, der für seine Bogenschießkünste bekannt ist. Er soll einen legendären Edelstein finden, der eine mysteriöse Macht haben soll und die Erde retten soll. Aber Raiko wird auch von der Krankheit befallen und so beschließt seine jüngere Schwester Hikaru heimlich die Reise an seiner Stelle zu machen. Hikaru trifft viele Leute und erlebt viele Abenteuer auf der Suche nach dem legendären Edelstein.

Seishu Handa ist ein junger, recht erfolgreicher Kalligraph. Während einer Ausstellung, bei der er den ersten Platz belegt, versucht ihn der Kurator der Ausstellung dazu zu motivieren, einen etwas persönlicheren Stil zu entwickeln. Den gut gemeinten Ratschlag missversteht er jedoch als persönlich gemeinte Kritik worauf er den Kurator ins Gesicht schlägt. Im gegenseitigen Einverständnis schickt sein Vater ihn daraufhin zu einem Aufenthalt auf die Insel Gotou (Präfektur Nagasaki), um sich dort inspirieren zu lassen und seiner Schreibkunst neue Impulse zu geben. Sein Plan eines ruhigen, konzentrierten Arbeitsaufenthalts wird jedoch schon gleich bei seiner Ankunft durchkreuzt, denn die lokale Bevölkerung hat keine Scheu den Neuling in ihre Gemeinschaft zu integrieren. Besonders für das siebenjährige Nachbarsmädchen Naru ist er die neue Attraktion der Insel, ist sie doch stets auf der Suche nach Spiel, Spaß, Abenteuern und neuen Erfahrungen.

Das Fuchsmädchen Yuzu ist in einem Dorf aufgewachsen und beginnt ihre Arbeit in einem Hotel in der Stadt. Obwohl sie ein Tollpatsch ist, der den Umgang mit so vielen Menschen nicht gewohnt ist, gibt sie stets ihr Allerbestes und gewinnt mit ihrer Niedlichkeit den einen oder anderen Yokai schnell für sich.

Nach dem tragischen Verlust ihrer Eltern bei einem Autounfall ziehen die Kasugano Zwillinge in die ländliche Residenz ihrer Großeltern, wo sie früher schon glückliche Sommerferien verbracht haben, um sich dort aus den Scherben ihres bisherigen Lebens eine neue Existenz aufzubauen. Konfrontiert mit einer ungewissen Zukunft, klammert sich Haruka an seine Erinnerungen vergangener Tage und hofft so, die Kraft zu finden, sich um seine von den Ereignissen stark mitgenommene Schwester Sora zu kümmern. Diese versucht die Situation dadurch zu bewältigen, indem sie nur in der Gegenwart lebt und Trost und Sicherheit bei ihrem Bruder sucht. Auf dem Land angekommen, treffen sie auf ihre Freundin aus Kindheitstagen Nao, die über ihre Rückkehr begeistert ist, sowie auf neue Freunde, wie die aufgeweckte Miko Akira und deren Freundin Kazuha oder ihren Klassenkameraden Ryōhei. Doch den Zwillingen steht noch eine schwere Zeit bevor, wobei auch so manche Begebenheit aus der Vergangenheit noch eine größere Rolle spielt.

Neo-Venezia ist eine Stadt auf dem kolonisierten Planeten Aqua, der im Stil Venedig nachempfunden ist. Gondeln, deren Lenker Undine genannt werden, bilden ein wichtiges Verkehrsmittel; und die Ausbildung der Lenker gliedert sich in die Abschnitte als Pair, die beiderseits jeweils einen Handschuh tragen, über die Single, die nur an einer Hand einen Handschuh tragen, bis hin zu ausgebildeten Undinen, die keine Handschuhe tragen und selbständig Fahrgäste befördern dürfen. Die Hauptfigur ist die junge Akari Mizunashi, die als Single für die Gondelgesellschaft Aria Company unter der Leitung von Alicia tätig ist.