Im Kampf gegen Kriminalität und Cyber-Terrorismus stehen Sektion 9 und Major Motoko Kusanagi vor einem großen Fall: Der „Lachende Mann“, ein mysteriöser und altbekannter Hacker, ist wieder aufgetaucht und sorgt für Angst und Schrecken. Kusanagi und ihr Team geraten immer tiefer in einen Strudel aus Gewalt, Korruption und Verrat, der auch nicht vor höchsten Regierungskreisen haltmacht. Und auch an anderer Stelle sieht sich Sektion 9 mit Ausbrüchen von Gewalt konfrontiert: Die terroristische Gruppierung der „Unabhängigen Elf“ treibt ihr brutales Unwesen! Ist es noch möglich, die Bedrohung aufzuhalten und die wahren Absichten der Terroristen zu ermitteln? Doch diesmal ist Kusanagi selbst tiefer in den Fall involviert, als sie je hätte ahnen können…

Deutschland, 1986. Dr. Kenzo Tenma ist Neurochirurg in einer Düsseldorfer Klinik. Eigentlich ist es der perfekte Job für einen Arzt wie ihn, wenn es da nicht seine Vorgesetzen gäbe. Mehrfach muss er einflussreiche Patienten bei der medizinischen Versorgung vorziehen. Eines Tages werden zwei Geschwister in die Klinik eingeliefert, die am Schauplatz eines Verbrechens aufgefunden wurden. Der Junge, Johann, schwebt in Lebensgefahr, doch Tenma soll stattdessen einen bekannten Politiker operieren. Er widersetzt sich den Anweisungen seines Oberarztes und operiert das Kind. Ein verhängnisvoller Fehler, den er später bereuen wird, denn Johann ist kein normaler Junge. Kurze Zeit später werden Tenmas Vorgesetzte ermordet und die Kinder, Johann und Anna, sind spurlos verschwunden.