Nachdem seine Mutter bei einem Luftangriff im Zweiten Weltkrieg umgekommen ist, muss der elfjährige Mahito Tokio verlassen. Er zieht zu seinem Vater und dessen neuer Frau in ein altes Herrenhaus. Isoliert von der Welt beginnt Mahito, die verzauberten Landschaften, die sein neues Zuhause umgeben, zu erforschen und begegnet einem mysteriösen Graureiher, der hartnäckig an seiner Seite bleibt.

August 1945 der Zweite Weltkrieg liegt in seinen letzten Atemzügen und das 3. Reich hat bereits kapituliert. Der Abwurf der Atombombe auf Hiroshima ist bereits erfolgt. Da erhält die Kaiserliche Marine vom untergegangenen deutschen Reich ein geheimes U-Boot, die I-507. Dieses verfügt über ein revolutionäres Peil- und Tarnsystem namens Lorelei welches ein düsteres Geheimnis birgt. Nun liegt es an dem umstrittenen Kapitänleutnant Masami und seiner Besatzung einen weiteren Atomschlag gegen Japan zu verhindern...