Mihama Academy, auf den ersten Blick eine geschlossene Lernanstalt für Schüler, die mit ihrer Umwelt nicht zurechtkommen. In Wirklichkeit ist sie jedoch mehr eine Mischung aus einem Obsthain und einem Gefängnis, die das faule Obst der Gesellschaft von dieser fernhalten soll. Zurzeit leben fünf Mädchen in der Akademie, die alle ihren eigenen Grund dafür haben, warum es sie hierher verschlagen hat. Mit der Zeit haben sie jeweils eine Routine gefunden, die es ihnen erlaubt, mit ihrer aktuellen Situation zurechtzukommen. Doch diese Routine wird jäh unterbrochen, als plötzlich der erste männliche Schüler in der Schule aufkreuzt: Kazami Yuuji. Durch seine Ankunft kommt Bewegung in das Leben der Mädchen, aber es muss sich erst noch zeigen, ob er es schafft, ihnen zu einem neuen Leben zu verhelfen oder ob sich ihre Vergangenheit als unüberwindbare Hürde erweist. Und es stellt sich natürlich die Frage: Was ist der Grund für sein Auftauchen?

Nach dem Heath-Oslo-Vorfall ist die Existenz der US-japanischen Anti-Terror-Organisation CIRS der Öffentlichkeit bekannt geworden. Daraufhin wurde CIRS von Grund auf neu aufgebaut und die verschiedenen Funktionen wurden der neuen Organisation SORD („Social Ops, Research & Development“) übertragen. Das Ziel von SORD ist es, eine neue Generation von Agenten zu trainieren, die das Land gegen zukünftige Bedrohungen verteidigen sollen. Zu diesem Zweck hat die Organisation eine Reihe von Schulen im ganzen Land eingerichtet. Auch die Mihama Academy, die nach ihrer plötzlichen Schließung verwahrloste, hat einen neuen Zweck gefunden und wurde zu einer „Spezialisten-Trainings-Schule“ umgebaut. Die neue Mihama Academy ist nun die Heimat einer Gruppe von Schülern, die jeden Tag daran arbeiten, ihre einzigartigen Fähigkeiten weiter zu verbessern.

In naher Zukunft hat ein unerklärlicher Anstieg des Meeresspiegels weite Teile der menschlichen Zivilisation unter Wasser gesetzt. Ikaruga Natsuki kehrt desillusioniert aus der Großstadt zurück und findet sein altes Landhaus halb vom Meer verschlungen vor. Ohne Familie bleiben ihm nur das Schiff und U-Boot seiner Ozeanologin-Großmutter sowie ihre Schulden. Seine einzige Hoffnung liegt in einem Angebot der verdächtigen Schuldeneintreiberin Catherine. Gemeinsam begeben sie sich auf die Suche nach einem vermeintlichen Schatz in den Ruinen des Labors seiner Großmutter. Statt Reichtümern finden sie jedoch ein seltsames Mädchen, das in einem Sarg auf dem Meeresgrund schläft: Atri. Obwohl sie ein Roboter ist, wirkt sie mit ihrem menschlichen Aussehen und ihren Emotionen täuschend echt. Aus Dankbarkeit für ihre Befreiung, gibt sie Natsuki ein Versprechen …