Der Krieg zwischen den Heikes und den Genjis geht weiter. Dieses Mal muss Nozomi gegen einen starken übernatürlichen Gegner kämpfen und eine schwere Entscheidung treffen: Ihre Freunde beschützen und an Kurous Seite bleiben oder ihre erste Liebe Masaomi, den Anführer der Heikes und ihr Feind, wählen.

Es stellt sich heraus, dass Diablomon gar nicht von Omegamon vernichtet wurde. Er ist wieder da und schickt zugleich Kuramon in die reale Welt. Zudem verbreitet er private Bilder von Yamato und Taichi in der Cyberwelt, weswegen sich auch die beiden in die Cyberwelt aufmachen, um mit Omegamon zu reden, während die jüngeren Digi-Ritter sich mit dem randalierenden Kuramon beschäftigen. Es schien, als ob dank der Hilfe von Angemon, Angewomon, Omegamon, Takeru und Hikari es tatsächlich gelungen wäre, gemeinsam Diablomon erneut zu besiegen, doch dieser Schein trügt. Das stellte sich nämlich nur als eine weitere Falle Diablomons heraus, um noch mehr Kuramons in die reale Welt schicken zu können. Der Höhepunkt sollte aber noch in Form von fusionierten Kuramon kommen, welche nun zur ultimativen Evolutionsstufe Armagemon digitiert sind, welcher sogar die Power von Omegamon und Imperial Dramon in den Schatten stellt. Was können die Kinder noch tun, um das Schlimmste zu verhindern?

Als Misa Kuroi in ihre neue Klasse kommt, schlägt ihr zunächst Misstrauen entgegen. Als sie mithilfe ihrer magischen Kräfte einen äußerst unbeliebten Lehrer vorübergehend außer Gefecht setzt, kann sie zwar Pluspunkte sammeln, doch das Glück ist nur von kurzer Dauer. Denn als die Schüler eines Tages feststellen müssen, dass sie aufgrund eines Zaubers das Schulgebäude nicht mehr verlassen können und einige von ihnen einen unschönen Tod sterben, wird Misa erneut verdächtigt, die Inkarnation Satans zu sein...

Akane ist die Ryuujin no Miko, die Priesterin von Kyou und nur sie hat die Fähigkeit Geister (Onryo) zur Ruhe zu betten. Allerdings hat sie gerade erst davon erfahren, dass sie diese Gabe besitzt. Akanes Aufgabe ist es Kyou zu schützen, doch muss sie, wenn sie einen Geist versiegeln will, seine Schmerzen annehmen und das ist nicht einfach. Ihr zur Seite stehen acht Bodyguards, die Haichiyou. Sie beschützen Akane. Als Akane das erste Mal ihre Fähigkeit einsetzt, gelingt es ihr nicht den Geist zu versiegeln. Einige ihrer Beschützer werden verletzt und sie macht sich große Vorwürfe. Dann trifft sie einen jungen Mann, der sein Gedächtnis verloren hat. Sie will ihm helfen, herauszufinden, wer er ist und das Geheimnis zu lösen, das ihn umgibt. Der einzige Hinweis ist eine Maske, die er bei sich hatte, als er erwacht ist. Aus diesem Grund versucht sie mehr über die Maske zu erfahren. Doch wird es ihr gelingen das Geheimnis zu lüften und ihre Bestimmung als Ryuujin no Miko zu akzeptieren?

Im Jahr 2012, nach den Ereignissen von Digimon Adventure: Last Evolution Kizuna müssen die früh erwachsenen DigiDestined - Daisuke, Miyako, Iori, Takeru Takashi, Hikari und Ken - ihre neue Verantwortung mit ihren Digimon-Partnern vereinbaren. Doch dann taucht Rui Owada auf, ein mysteriöser junger Mann, der behauptet, der erste Mensch zu sein, der mit einem Digimon-Ukkomon zusammenarbeitet. Könnte Rui wirklich der allererste DigiDestinierte gewesen sein?

Im Jahr 2010, Tai und seine Freunde erreichen mit etwa Anfang 20 das Erwachsenenalter. Als sie von einer Nachricht erreicht werden, dass die Partnerschaft mit ihrem Digimon bald ende und sie für immer getrennt sein würden, da sie keine Kinder mehr sind, stellt sich sowohl bei ihnen als auch ihren Digimon-Partnern Trauer ein. Währenddessen erscheint das mächtige Digimon Eosmon, das allen anderen auserwählten Kindern ihr Bewusstsein raubt. Obwohl Tai und seine Freunde wissen, dass der Kampf gegen Eosmon die Zeit noch verkürzen wird, die ihnen mit ihren Digimon gemeinsam bleibt, liegt es an ihnen, ein letztes Mal zusammen zu kämpfen, um die Welt einmal mehr zu retten.