Yuis Schwester Mai Ikuno entdeckt, dass ihre jüngere Schwester verschwunden ist. Yui ist eine Grundschullehrerin und hat häufig bei Toshio Saeki vorbeigeschaut, einem oft schwänzenden Schüler. Auf der Suche nach ihrer Schwester besucht Mai das Haus der Saekis. Doch bald passieren ihr seltsame und verworrene Dinge, kaum dass sie einen Fuß in dieses Haus gesetzt hat.

In dieser Fortsetzung des ersten Spielfilms bekommen es die Elric-Brüder mit ihrem gefährlichsten Gegner überhaupt zu tun: einem einsamen Serienkiller mit vernarbter Stirn.

Ed Elric (Ryôsuke Yamada) wurde ein staatlicher Alchimist und begab sich zusammen mit seinem Bruder (Atom Mizuishi) auf die Suche nach dem Stein der Weisen, der es ihm theoretisch ermöglichen würde, seine Mutter wiederzubeleben und seinen Körper zurückzuholen. Die Brüder Elric stellen jedoch bald fest, dass sie nicht die einzigen sind, die den Stein in die Finger bekommen wollen.