Die terroristische Organisation USR unter Führung von Admiral Red versenkt immer wieder Kriegsschiffe verschiedener Nationen, um die Weltmeere zu "säubern". Daraufhin gründen elf Großmächte die gemeinsame Marineorganisation PKN (Peacekeeping Navy), um die USR zu vernichten. Doch bei der Gründungszeremonie wird ein Großteil der gemeinsamen Flotte durch Admiral Reds U-Boot - die UX - zerstört. Das japanische U-Boot 707 unter dem gewieften Kapitän Hayami, wegen ihrer Langsamkeit auch als Kampfschildkröte verspottet, kann gerade noch die Zerstörung eines Flugzeugträgers verhindern, wird dabei jedoch versenkt. Ein halbes Jahr später erhält Hayami eine neue 707. Da diese aber auch nicht schneller ist als die alte, kommt er zu einem neuerlichen Gefecht mit der USR mal wieder zu spät und findet nur noch die Überreste der PKN-Flotte vor. Als einzig verbliebenes kampffähiges Schiff macht sich die 707 an die Verfolgung der weit überlegenen UX ...