Nachdem Homura sich zurückzog erklärt Mami ihnen nach bestem eigenen Wissen, dass Kyubey die Fähigkeit besitzt ihnen einen Wunsch zu gewähren. Im Gegenzug würden sie sich in Magical Girls verwandeln und müssten gegen Hexen in den Kampf ziehen. Damit sie sich ein besseres Bild von dem Leben und den Aufgaben eines Magical Girls machen können, verspricht ihnen Mami sie auf ihrer nächsten Jagd beobachten zu lassen. Kyubey, der von ‚normalen‘ Menschen nicht gesehen werden kann, begleitet unterdessen die Mädchen am nächsten mit in die Schule. Zugleich bringt er ihnen bei sich telepathisch miteinander zu unterhalten. Zugleich spricht Homura erneut Madoka an, um erneut ihre Warnung zu unterbreiten. Zugleich bleibt sie Madoka die Frage schuldig, was sie sich gewünscht habe, bevor sie ein Magical Girl wurde. Nach Ende der Schule begeben sich nun Madoka, Sayaka und Mami gemeinsam auf die Jagd nach einer Hexe, die von Mami durch ein inneres Gefühl am Vortag aufgespürt hatte. Dabei sehen sie gerade noch, wie eine von der Hexe ‚verführte‘ Frau Selbstmord begehen will. Mit Hilfe von Mamis besonderen Fähigkeiten kann der Fall in den Tod jedoch verhindert werden. Während die Frau noch bewusstlos am Boden liegt begebe sich die drei in das innere des verlassenen Gebäudes. Dort finden sie einen Grief Seed der Hexe und können durch dieses Portal in die Parallelwelt der Hexe gelangen. Dort stellt Mami abermals ihre Fähigkeiten unter Beweis und kann beinahe mühelos die Hexe mit ihrer Spezialfähigkeit erschießen. Am Ende finden sie sich wieder in der realen Welt wieder, wo nur noch der Grief Seed von der Existenz der Hexe zeugt. Diesen nutzt Mami um ihren Soul Gem wieder aufzuladen. Homura die ihnen unterdessen auch gefolgt war, lehnt es jedoch das Angebot Mamis ab ebenfalls einen Teil der Energie des Grief Seeds aufzunehmen, um ihre magischen Kräfte aufzuladen.